Training alignment parameters for arbitrary sequencers with LAST-TRAIN

Michiaki Hamada*, Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Martin C. Frith, John Hancock

*この研究の対応する著者

研究成果: Article査読

26 被引用数 (Scopus)

抄録

LAST-TRAIN improves sequence alignment accuracy by inferring substitution and gap scores that fit the frequencies of substitutions, insertions, and deletions in a given dataset. We have applied it to mapping DNA reads from IonTorrent and PacBio RS, and we show that it reduces reference bias for Oxford Nanopore reads.

本文言語English
ページ(範囲)926-928
ページ数3
ジャーナルBioinformatics
33
6
DOI
出版ステータスPublished - 2017

ASJC Scopus subject areas

  • 統計学および確率
  • 生化学
  • 分子生物学
  • コンピュータ サイエンスの応用
  • 計算理論と計算数学
  • 計算数学

フィンガープリント

「Training alignment parameters for arbitrary sequencers with LAST-TRAIN」の研究トピックを掘り下げます。これらがまとまってユニークなフィンガープリントを構成します。

引用スタイル